CryptoExpert provádí šifrování dat v reálném čase. Vytvoří virtuální disky jejichž obsah je automaticky šifrován (CAST 128 bit, Blowfish 448 bit, Triple-DES 168 bit, AES 256 bit) a chráněn heslem. Disky jsou přístupné stejně jako jiné diskové jednotky prostřednictvím přiřazeného písmene (G:, H:, Z:, apod.) a obsahují soubor (kontejner) se šifrovanými soubory který lze zálohovat nebo kopírovat standardním způsobem. Data uložená v tomto souboru jsou při čtení automaticky dešifrována a při ukládání opět šifrována. Podporuje prostředí příkazového řádku. Vyšší ochranu dat před škodlivým software zajišťuje diskový firewall.

Verze Professional dokáže připojit současně více kontejnerů velikosti přes 256 GB a sdílet je v síti. Poslední verze přináší ochranu obsahu virtuálních jednotek před trojskými koňmi, viry a dalším škodlivým software.