CubeDesktop vytvoří šest nezávislých virtuálních pracovních ploch počítače. Každá plocha může mít vlastní nastavení (pozadí, ikony), může být chráněna heslem, podporován je přesun oken mezi plochami a různé způsoby přepínání mezi plochami (stiskem horké klávesy, prostřednictvím kontextové nabídky nebo 3D animovaného hranolu). Součástí programu je Window Exposer umožňující snadnou manipulaci s otevřenými okny.