CuteFTP Professional je FTP klient rozšiřující možnosti CuteFTP Home o pokročilé bezpečnostní funkce (SSCN, SSH2, OTP (S/Key)), možnost urychleného stahování, Site to Site přenos, kompresi, připojení k HTTP a HTTPS, ověření integrity stahovaných dat (CRC kontrolní součet), porovnávání a synchronizaci adresářů a další. Podporuje kompresi přenášených dat (MODE Z), řízení TX/RX bufferu umožňující rychlejší přenos dat při nekvalitním připojení, IPv6.